Descripción de la micobiota de los tubos endotraqueales de pacientes de unidades de cuidados intensivos en Bogotá, Colombia

Introducción. La colonización por microorganismos patógenos de los dispositivos médicos usados en las unidades de cuidados intensivos es un factor de riesgo para el aumento de infecciones asociadas con la atención en salud y, por lo tanto, al de la morbilidad y la mortalidad de los pacientes intubados. En Colombia, no se ha descrito la colonización por hongos de los tubos endotraqueales, con lo cual se podrían considerar nuevas opciones terapéuticas para el beneficio de los pacientes. Objetivo. Describir los hongos que colonizan los tubos endotraqueales de los pacientes en unidades de cuidados intensivos, junto con su perfil de sensibilidad a los antifúngicos. Materiales y métodos. Se realizó un estudio observacional, descriptivo, en dos centros hospitalarios durante 12 meses. Se recolectaron tubos endotraqueales de pacientes de las unidades de cuidados intensivos. Estos fueron procesados para cultivar e identificar hongos, y para establecer su perfil de sensibilidad a los antifúngicos. Resultados. Se analizaron 121 tubos endotraqueales obtenidos de 113 pacientes. De estos, el 41,32 % se encontró colonizado por los hongos Candida albicans (64,61 %), C. no-albicans (30,77 %), Cryptococcus spp. (3,08 %) o mohos (1,54 %). Todos los hongos evaluados presentaron una gran sensibilidad a los antifúngicos, con un promedio del 91 %. Conclusión. Se encontró colonización fúngica en los tubos endotraqueales de pacientes con asistencia respiratoria mecánica. El perfil de sensibilidad en estos pacientes fue favorable. Se requiere un estudio clínico para correlacionar los microorganismos colonizadores y su capacidad de generar infección.

Introduction. Medical device colonization by pathogenic microorganisms is a risk factor for increasing infections associated with health care and, consequently, the morbidity and mortality of intubated patients. In Colombia, fungal colonization of endotracheal tubes has not been described, and this information could lead to new therapeutic options for the benefit of patients. Objective. To describe the colonizing fungi of the endotracheal tubes from patients in the intensive care unit, along with its antifungal sensitivity profile. Materials and methods. We conducted a descriptive, observational study in two health centers for 12 months. Endotracheal tubes were collected from patients in intensive care units. Samples were processed for culture, fungi identification, and antifungal sensitivity profile assessment. Results. A total of 121 endotracheal tubes, obtained from 113 patients, were analyzed: 41.32 % of the tubes were colonized by Candida albicans (64.62%), C. non-albicans (30.77%), Cryptococcus spp. (3.08%) or molds (1.54%). All fungi evaluated showed a high sensitivity to antifungals, with a mean of 91%. Conclusion. Fungal colonization was found in the endotracheal tubes of patients under invasive mechanical ventilation. The antifungal sensitivity profile in these patients was favorable. A clinical study is required to find possible correlations between the colonizing microorganisms and infectivity.

Genes para proteorodopsinas en aguas termales de los Andes colombianos / Genes for proteorhodopsins in hot springs in the Colombian Andes

La identificación de genes para proteorodopsinas en aguas termales amplía el rango de ecosistemas en los cuales se encuentran estos genes, los que codifican para bombas de protones y pueden estar implicados en la productividad de estas comunidades microbianas acuáticas.

Análisis comparativo de seis genomasdel complejo Mycobacterium tuberculosis / Comparative analysis of six Mycobacterium tuberculosis complex genomes

Introducción. El creciente número de genomas secuenciados pertenecientes al complejo Mycobacterium tuberculosis hace posible la comparación y el análisis genómico, que puede revelar importantes mecanismos de evolución y variación para entender la patogénesis de esta especie. Objetivo. Mediante el uso de alineamientos múltiples se pretendió analizar las diferencias entre seis genomas del complejo M. tuberculosis, para encontrar regiones de variación que conduzcan a mejoras en la identificación de estas especies o en el tratamiento. Materiales y métodos. Mediante el programa bioinformático Mauve, se realizaron alineamientos múltiples de seis genomas pertenecientes a especies del complejo M. tuberculosis. Las regiones genómicas exclusivas para cada genoma se anotaron usando la base de datos Tuberculosis Database.Resultados. El porcentaje de similitud entre los seis genomas analizados estuvo entre 96,1% y 97,8%. La anotación de las regiones exclusivas reveló la presencia de elementos de transposición, familias de proteínas PPE y PE-PGRS, regiones asociadas a resistencia contra bacteriófagos y regiones intergénicas. Conclusiones. A pesar de la gran similitud entre las cepas analizadas, existen variaciones entre ellas que pueden ser importantes para entender diferencias en comportamiento y virulencia, así como para mejorar los diagnósticos de cepas específicas. Regiones como aquéllas con genes para proteínas de membrana, posiblemente, relacionadas con la variación y la respuesta antigénica, son de particular interés para estudios futuros orientados a buscar tratamientos nuevos para el control de esta enfermedad.

Introduction. A growing number of sequenced genomes belonging to the Mycobacterium tuberculosis complex has enabled a comparison of strain traits and genomic constitution. These analyses may reveal mechanisms of evolution and genomic variation relevant to tuberculosis pathogenesis.Objective. Multiple alignments were used to analyze the differences between six genomes of the M. tuberculosis complex and to locate regions of variation that may lead to improvements in species identification or in their treatment. Materials and methods. The Mauve software package was used to perform a multiple alignment of 6 genomes belonging to the M. tuberculosis complex. Regions exclusive to each genome were annotated using the TB database.Results. Percent similarity among the six genomes ranged between 96.1% and 97.8%. The annotation identified intergenic regions, regions associated with transposable elements of the PE-PGRS and PPE families, and regions associated with resistance against bacteriophage. Conclusions. In spite of the high genetic similarity among the tuberculosis strains, genomic variations were elucidated that may be relevant to differences in behavior and virulence, as well as for improvement of strain diagnosis. Regions encoding membrane-associated proteins, possibly related with antigenic variation and immune response, are particularly interesting for studies aimed at seeking tuberculosis treatments.

Genes involucrados en la biogénesis de fimbrias afectan la formación de biopelículas por parte de Klebsiella pneumoniae / Genes involved in fimbrial biogenesis affect biofilm formation in Klebsiella pneumoniae

Introducción. Klebsiella pneumoniae es un patógeno oportunista comúnmente asociado con infecciones hospitalarias. La persistencia y patogénesis de este microorganismo pueden estar asociadas con su capacidad para formar biopelículas. Entre los factores implicados en la formación de biopelículas en diversos microorganismos están las fimbrias o pili. K. pneumoniae expresa tanto fimbria tipo 1 como fimbria tipo 3, estructuras proteicas importantes en la mediación de la adhesión a células epiteliales y la virulencia. Objetivo. Identificar genes importantes en la formación de biopelículas de K. pneumoniae. Materiales y métodos. K. pneumoniae MZ2098 se mutagenizó con el transposón miniTn10Km y subsecuentemente se tamizó para deficiencias en la formación de biopelículas en placas de 96 pozos usando medio BHI-MOPS. Los mutantes seleccionados se analizaron bajo diversas condiciones variando los medios de cultivo y las superficies utilizadas. Los genes interrumpidos por el transposón se identificaron mediante reacción en cadena de la polimerasa arbitraria y secuenciación. Resultados. De un banco de 9.300 inserciones en K. pneumoniae se obtuvieron 37 mutantes deficientes en su capacidad para formar biopelículas. Se identificaron tres mutantes con inserciones en genes para fimbria con fenotipos notables por su diferencia en cuanto a la capacidad para adherirse a superficies in vitro. Conclusión. Los resultados indicaron que las fimbrias tipo 1 y 3, ésta última ya implicada en este fenómeno en K. pneumoniae, son factores importantes para la adhesión y la formación de agregados multicelulares.

Introduction. Klebsiella pneumoniae is an opportunistic pathogen commonly associated with nosocomial infections. The persistence and pathogenesis of this microorganism is associated with its capacity to form biofilms. Pili or fimbriae are among the factors implicated in biofilm formation in diverse microorganisms. Klebsiella pneumoniae expresses both type 1 and type 3 fimbriae—proteinacious structures that mediate adhesion to epithelial cells and are important for virulence. Objective. To identify genes involved in biofilm formation in K. pneumoniae. Materials and methods. Klebsiella pneumoniae MZ2098 was subjected to mutagenesis with the miniTn10Km transposon and screened for defects in ability to form biofilms. The bacteria were curltured in 96-well plates using BHI-MOPS medium. Selected mutants were analyzed under diverse conditions by varying culture conditions and growth surfaces. Genes interrupted by the transposon were identified by arbitrary polymerase chain reaction and sequencing. Results. Thirty-seven mutants deficient in biofilm formation were obtained by screening 9,300 transposon-insertion mutants in K. pneumoniae. Three of these mutants had insertions in genes that affected fimbrial formation, and their phenotypes showed severe defects in the capacity to adhere to surfaces in vitro. Conclusion. Type 1 and type 3 fimbriae are important factors for adhesion and formation of multicellular aggregates of K. pneumoniae.

Identificación de genes de Mycobacterium tuberculosis que se expresan bajo condiciones de estrés anaeróbico / Identification of Mycobacterium tuberculosis gen differentially expresed during anaerobic stress conditions

Objetivo: identificar genes de M. tuberculosis que se inducen bajo condiciones de limitación de oxigeno para estudiar su posterior efecto sobre la viabilidad del patógeno. Materiales y métodos: se crecieron cultivos de la cepa no patógena M. smegmatis mc²155 en cajas de microcultivo bajo condiciones de estrés anaeróbico. Se construyó una biblioteca genómica de M. tuberculosis H37Rv en el plasmado pGFP, la cual fue introducida dentro de M. smegmatis. A partir de observación de las células de M. smegmatis recombinantes bajo luz UV se identificaron clones que indujeran la expresión del gen reportero bajo condiciones de limitación de oxígeno. Los plásmidos recombinantes de estos clones fueron aislados y los insertos secuenciados. Las secuencias obtenidas fueron analizadas comparándolas con el genoma completo de M. tuberculosis. Resultados: Se estandarizaron las condiciones in vitro para realizar estudios por estrés anaeróbico usando la micobacteria M. smegmatis. El tamizaje de la genoteca de M. tuberculosis dentro de M. smegmatis llevó a la identificación de 3 posibles fragmentos genómicos que inducen la expresión de gfp en condiciones de estrés anaeróbico. La secuencia de estos insertos reveló que contenían posibles secuencias reguladoras, dos de ellas corriente arriba de los genes para las proteínas hipotéticas Rv2603 y Rv3267 de M. tuberculosis y la otra para un marco abierto de lectura no identificado. Conclusiones: Utilizando librerías genómicas y una micobacteria no patógena como M. smegmatis es posible identificar genes de M. tuberculosis posiblemente involucrados en resistencia a condiciones de estrés